Creators Updateが提供されてはや3，4か月。今更感がある内容ですが、私の覚書として。
Anniversary Update（RS1）までのWindows Defenderの止め方
レジストリエディタで
HKLM\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows Defender
にて、DWORD値で
DisableAntiSpyware
を作成し、
値を1とします。
元に戻す場合は
DisableAntiSpyware
を削除してください。
Creators Update（RS2）後のWindows Defenderセキュリティセンターの止め方
上の設定に加え、レジストリエディタで
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\SecurityHealthService
にて、
Start
の値を4に変更します（デフォルトは2です）。
元に戻す場合は
Start
の値を2に戻してください。
注意
私の場合、Creators Updateにしてからウイルス対策ソフトとの相性がひどく悪く、ネットで調べて上記の方法を見つけました。ちなみにStartの値はサイトによって３にしたり４にしたりとまちまちです。調べた限りでは4にしているところが多かったのでそちらを扱いました。
気をつけていただきたいのが、Windows Defenderセキュリティセンターを完全停止した場合、どういうリスクがあるか十分にわかっていないということです。
あくまで自己責任でお願いいたします。
レジストリの操作を伴うので、上の記述で分からないという方は操作をお控えください。